中興大學昆蟲標本館座落於興大校園內農業環境科學大樓十樓，目前館藏之針插標本約12萬件，包括長期累積以研究為主的館藏約10萬餘件，其中含模式標本400種3千件以上。昆蟲標本館的歷史可追溯至日據時期的台中農林專門學校，當時任教的日本學者中條道夫(M. Chujo)、遠藤金彌(K. Endo)、一色周知(S. Issiki)等人所採集的標本，至今仍存放在館中。1947年，中興大學的前身－台灣省立農學院成立植物病蟲害學系之時，已有具規模之昆蟲標本室，其後原系於1959年再分為昆蟲組與植物病理組，爾後獨立為昆蟲學系。1961年本校更名為台灣省立中興大學，昆蟲標本室遂正式歸建於中興大學昆蟲學系。昆蟲學系成立之初，系館僅有兩層樓，空間不足且欠缺良好的典藏設備和管理維護的人力，豐富的館藏日漸毀損，此時昆蟲標本館的維護僅由楊仲圖教授研究室努力護持並持續進行相關研究以增加標本館藏。 直到1995年昆蟲學系籌建新館給予標本館新的契機！劉玉章教授當時任昆蟲學系主任，極力向農委會等單位申請新系館硬體設備建置及搬遷所需費用，由楊正澤教授以農業環境科學大樓十樓約四分之一的空間負責規劃新館。新館中主要以現代化的移動式標本櫃為標本保存主體，不僅增加蒐藏的垂直空間，也預留了橫向擴充的可能性，新館備有獨立的空調系統，全天候維持蒐藏庫的溫溼度。此外標本製作及典藏所需的相關空間如標本檢查室、標本準備室、浸液標本室等都在規劃時即已設立，在硬體設備及保存環境條件皆符合標本典藏所需環境之下，建構了兼具現代化教學與研究的大學昆蟲標本館。而原有的館藏在全系學生的協助之下，於1996年12月完成搬遷的任務。

標本館所在的農業環境科學大樓在1999年的九二一大地震中受創嚴重，所幸標本館損傷部分多在硬體設備，標本直接受損的情形並不嚴重。但因標本館的溫溼度環境條件未能及時恢復，使得許多標本發霉或遭蟲害，當時在楊正澤教授及學生的共同努力下，大多數館藏幸而得以留存。 新標本館雖有充裕的空間，卻沒有對應的經費與人力進行維護，搬遷之後的十年間，均仰賴楊正澤教授研究室在人力與經費上努力支援與經營。1997年起藉由教育部之研究獎助學金制度，每學期僅由數名研究生兼任工讀生協助標本基本維護的工作。2007秋季，前昆蟲學系主任齊心教授委任楊曼妙副教授接任標本館管理工作，除了原有研究生兼任之工讀生，更獲得校方補助大學部學生工讀與學習的機會，一同協助標本維護與製作，使得許多暫存於蒐藏庫外的標本，得到妥善的處理並成為正式館藏。2009年，蒐藏庫內新增溼度控制設備，同時也將老舊的溫控系統汰舊換新，蒐藏庫內的環境全天候24小時皆控制在20±2 ℃、50±5 %相對溼度之恆定狀態，並定時進行館區各空間全面性的燻蒸除蟲工作，將蒐藏環境做全面的改善，逐步達到國際水準，不僅提升了典藏條件，也延續了典藏標本的壽命。