中興大學昆蟲標本館具教學、展示與研究等三項功能，館藏亦可就性質分為三類：

(1)研究標本：已經整理並進入標本庫存放並專供分類研究之標本，本館模式標本於此類標本為數最多；
(2)教學標本：用於教學並可供學生實習課觀察與解剖之標本；
(3)展示標本：存放於展示室以供民眾來訪參觀之標本。
研究標本之蒐藏主要來自本系教師之研究，多數為針插標本，包括張書忱教授之天牛標本約7,300件，楊仲圖教授之瓢蟲標本2,100件、木蝨總科約3,900件與飛蝨總科約6,800件。
此外，日本名古屋女子大學退休教授八田耕吉因受2007年佐藤正孝教授捐贈標本予國立自然科學博物館之啟發，欲尋求管道保存其畢生之收藏標本，經由埔里鄉公所介紹，八田教授於2008年實地訪查中興昆蟲標本館，並確認本館館藏條件，且有感於本館藏有日據時代重要昆蟲學者之標本，於2009年1月及2011年4月共捐贈300餘箱，約15,000件針插標本。其捐贈之標本來自世界各大洲，包含鱗翅目、鞘翅目與蜻蛉目等許多珍貴稀有的物種，由於八田教授長年研究水生昆蟲之環境監測，其捐贈之標本亦包含研究期間所採集的浸液標本。八田教授之捐贈標本不僅增加館藏的多樣性，亦支持興大昆蟲標本館具備與國際交流之能力，受到外國學者之認可。
本館所藏之研究標本中有許多為模式標本，模式標本是新物種命名時所依據的存證標本，於學術研究上極具意義。本館藏有模式標本400種3,000件以上，其中包含數種天牛、近百種木蝨、兩百多種飛蝨、數十種蜉蝣及蟋蟀之模式標本。目前模式標本並未作獨立保存，僅依分類系統與同類別之非模式標本一同存放。除上述的研究標本之外，另有昆蟲各目約10萬多件的標本，總計目前館藏計有約12萬餘件針插標本。