中興大學昆蟲學系的歷史最早可回溯至1947年「台灣省立農學院」成立之「植物病蟲害學系」，昆蟲標本的蒐藏從當時即已初具規模，舉凡日籍學者的標本、或是張書忱教授採集的天牛標本均被留存下來。1965年昆蟲學系正式成立，昆蟲標本室遂建構於二層樓的昆蟲學系舊系館之中，當時跟隨張教授帶昆蟲分類學課程的楊仲圖老師，亦是昆蟲標本館重要的幕後推手之一。楊仲圖教授致力於各地昆蟲標本的採集與分類研究長達數十年，期間也付出相當多的心力管理與維護標本館。1995年昆蟲學系移入農業環境科學大樓，昆蟲標本館便正式遷至農環大樓10樓C側，當時由楊正澤教授負責規劃與管理，除了具備獨立溫溼度控制與移動式標本櫃的蒐藏庫以外，並有檢查室、標本準備室等空間，本館成為兼具研究與教學用途的現代化標本館。2007年秋季由前主任齊心教授委由楊曼妙教授接任標本館管理工作，本館並於2009年開始陸續接受日本八田耕吉教授捐贈約300箱1萬5000件標本，這些珍貴昆蟲標本不同於僅針對少數類群所研究的標本，主要來自世界各地，大大增添本館館藏的豐富度!